All'alimentazione provvede un sistema di iniezione elettronica sequenziale con gestione separata ed indipendente per ogni cilindro. I parametri fondamentali sulla base dei quali la centralina elabora i dati per l'iniezione sono il regime motore, l'angolo di apertura delle farfalle, la temperatura del motore e dell'aria aspirata nonché la pressione atmosferica della stessa.
Ogni cilindro ha una sua sonda lambda posizionata nel relativo collettore di scarico. Il minimo viene regolato automaticamente quindi non c'è bisogno di "tirare l'aria" per le partenze a freddo.
Una caratteristica molto interessante è la prevenzione del battito in testa. Sui cilindri è installato un sensore che riconosce le vibrazioni tipiche del battito in testa e vi pone immediatamente fine impartendo alla centralina elettronica di gestione del motore una riduzione dell'anticipo di accensione per eliminare il rischio di possibili danni. Come BMW tiene a precisare, a sottolineare la vocazione per il turismo a lungo raggio della sua nuova GS, ciò rende possibile l'utilizzo senza nessun tipo di intervento manuale della benzina a basso numero di ottani che talvolta può essere l'unica disponibile in paesi lontani.
Come sulla precedente 1150 GS, anche la nuova 1200 può contare sull'accensione a doppia candela. La novità risiede nella gestione del punto di accensione delle candele a seconda delle condizioni di utilizzo della moto: carico parziale o pieno carico. In pratica, entro fasce definite della mappatura, all'approssimarsi del pieno carico, quando il vantaggio della doppia accensione va via via scemando, la differenza di fase tra prima e seconda candela può essere così grande da far scoccare la scintilla della candela secondaria addirittura 60° dopo il Punto Morto Superiore. L'obiettivo è ovviamente un'erogazione della potenza più fluida possibile e l'ottimizzazione di emissioni e consumi.
Novità anche per aspirazione e scarico. L'airbox mantiene il filtro in carta già utilizzato sulla 1150 ma ora ha una capacità di 9 litri.

L'intero impianto di scarico pesa 10,7 kg, il 33% in meno rispetto al modello precedente. E' costituito dai due collettori (uniti da un tubo di compensazione) che vanno ad unirsi con un raccordo ad Y sotto al motore nella marmitta centrale, che ospita il catalizzatore con monolito metallico a 200 celle per pollice quadrato e rivestimento in rodio/palladio.
Il terminale di scarico è stato completamente ridisegnato per migliorarne l'estetica e conferire alla moto un sound contenuto ma gradevole. Per fare ciò è di forma ovale ed al suo interno ha una valvola comandata dalla pressione dei gas in uscita in modo da ridurre ulteriormente la rumorosità ai regimi medio-bassi.
L'alleggerimento generale ha interessato anche l'alternatore, ora da 600 Watt, il motorino d'avviamento e la batteria, per un risparmio di peso complessivo di 2,2 kg.