Il motore è stato complessivamente alleggerito di 3 kg. Nonostante l'aumento della corsa da 70,5 a 73 mm, la larghezza è rimasta invariata perché l'albero motore è più compatto grazie a perni di biella più vicini e contrappesi più stretti. Anche i pistoni, con tre fasce elastiche, sono stati alleggeriti.
La novità più importante è però l'adozione di un albero contrappesato con senso di rotazione inverso rispetto all'albero motore, in modo da ridurre le inevitabili vibrazioni dovute al disallineamento dei cilindri ad una grandezza trascurabile.
Una peculiarità dei motori boxer BMW è il cambio separato. Per la GS 1200 è stato completamente riprogettato ed ora pesa circa 13 kg. La dentatura degli ingranaggi è ora elicoidale per un ingranamento più dolce ed un funzionamento più silenzioso. La sesta marcia non è più overdrive ma di potenza. Gli alberi del cambio girano su cuscinetti a sfere mentre gli ingranaggi su cuscinetti a spilli a basso attrito. Gli intervalli di manutenzione per la sostituzione dell'olio del cambio sono ora di 40.000 km.
Come in passato la frizione monodisco a secco è montata sul volano ma il suo diametro è stato portato da 165 a 180 mm.
Un grosso contributo all'alleggerimento complessivo del motore deriva dal nuovo basamento, realizzato con una tecnologia di fusione che ha permesso di ridurre gli spessori senza rinunciare alla necessaria rigidezza. Tra quelle che BMW definisce "soluzioni ingegnose" c'è anche un nuovo sfiato del basamento: in pratica una valvola con lingue a membrana si apre a seconda della pressione esistente nel basamento in maniera da ridurre il più possibile le perdite di potenza per ventilazione.
L'architettura di base delle testate, con alberi a camme disposti sotto il livello delle valvole, rimane invariata ma esternamente si nota subito il nuovo profilo dei coperchi. Le valvole di aspirazione passano da 34 a 36 mm, quelle di scarico da 29 a 31 mm. Queste ultime sono riempite di sodio per migliorare la sottrazione di calore. Di conseguenza sono stati rivisti anche i condotti con un'ottimizzazione delle caratteristiche fluidodinamiche in funzione delle nuove valvole e della maggiore cilindrata.