E' stato completamente rinnovato anche l'impianto elettrico. La sigla scelta da BMW è SWS, Single Wire System, ovvero la tecnologia conosciuta con il nome di Controller Area Network (CAN). Si tratta di un sistema in cui le centraline, i sensori ed i servizi sono uniti per mezzo di una un'unica linea comune che forma una rete attraverso la quale transitano tutti i segnali indipendentemente dalla loro "destinazione" finale.
All'innegabile beneficio derivante da un cablaggio di peso minore si accompagna una diagnosticabilità completa e molto più semplice. Tra l'altro questo tipo di impianto elettrico permette di rinunciare ai tradizionali fusibili perché in caso di malfunzionamento viene semplicemente disattivata la funzione e memorizzato l'errore. Vengono eliminati anche tutti i relé, tranne quello del motorino d'avviamento.
Sulla nuova R1200 GS le centraline elettroniche sono complessivamente tre, quella di gestione del motore, quella per la gestione delle funzioni non specifiche per il motore e la strumentazione (che ha funzione di centralina elettronica). L'eventuale installazione dell'Integral ABS o dell'antifurto elettronico, prevede centraline proprie che vengono incorporate nella rete e quindi alla diagnostica generale.
Di serie la nuova GS 1200 monta la sicurezza antiavviamento elettronica. Si tratta di un transponder inserito nella chiave che tramite l'antenna anulare montata sul blocchetto di contatto comunica con la centralina. I dati vengono scambiati, decodificati e confrontati; solo se combaciano è possibile l'avviamento del motore.

Anche la strumentazione è tutta nuova. Interamente digitale, è formata da due strumenti analogici, per tachimetro e contagiri, e da un display multifunzione denominato Info-Flatscreen che informa costantemente su temperatura dell'olio, litri di carburante, autonomia residua, ora e marcia inserita. Contachilometri totale e parziale possono essere richiamati con apposito tasto. L'illuminazione della strumentazione è automatica grazie ad una cellula fotosensibile.
I comandi al manubrio, pur rispettando l'originale disposizione delle moto BMW, sono di nuovo disegno e più facilmente azionabili.
Il manubrio è in acciaio con pareti sottili ed ha una sezione di diametro decrescente verso le estremità in maniera da migliorare la sicurezza della presa sulle manopole. Da notare che i paramani sono ora offerti come optional.
L'estetica è caratterizzata dal "tipico" aspetto della GS. Doppio faro asimmetrico di nuovo disegno (e più luminoso), "becco" che funge da convogliatore d'aria per il radiatore dell'olio, parabrezza trasparente (regolabile senza attrezzi su cinque posizioni) e parte posteriore molto "spoglia" che alleggerisce l'aspetto complessivo. Le novità maggiori riguardano la zona del serbatoio, da 20 litri ed in materiale sintetico, che ora presenta due elementi laterali anch'essi in materiale sintetico che possono essere smontati facilmente grazie ad un sistema di sgancio rapido.

Le selle di pilota e passeggero sono divise. Disponibili in due colori, grigio e nero, quella del pilota è regolabile su due livelli, 840 e 860 mm. Come optional si può richiedere una sella più bassa o più alta di 30 mm, con un range complessivo che varia quindi da un minimo di 810 a un massimo di 890 mm. In fatto di ergonomia è stato fatto un passo avanti migliorando la facilità con cui si poggiano i piedi a terra attraverso uno studio della cosiddetta "lunghezza dell'arco del cavallo", ovvero la distanza tra i punti di appoggio al suolo misurata lungo l'interno delle gambe. La sella del pilota è quindi sagomata in maniera da offrire un più saldo appoggio a terra dei piedi senza sacrificare le gambe con una angolazione eccessiva.
Sul nuovo portapacchi in materiale sintetico è possibile montare un top-case e sotto la sella del passeggero c'è un pratico piano d'appoggio che quando vengono montate le borse laterali in optional forma con la parte superiore delle stesse un ampia zona sulla quale fissare bagaglio aggiuntivo. Da notare che il volume delle nuove motovaligie e del top-case può essere variato di 9 litri in funzione della quantità e voluminosità del bagaglio trasportato, ottimizzando così la larghezza del corpo del veicolo sia in larghezza sia in altezza.
La motovaligia sinistra ha un volume massimo di 37,5 litri, quella destra di 46 litri, come il top-case, per una capacità massima complessiva di quasi 130 litri.
Infine i colori disponibili. Le tinte base, tutte metallizzate, sono il blu oceano, il rosso roccia ed il giallo deserto. A queste sono liberamente associabili due tinte per la sella, grigio chiaro o nero, ed altre due per i fianchetti, grigio granito metallizzato o nero soft, per un totale di 12 combinazioni possibili.